A partir de aquí empieza propiamente la iglesia: tres naves sin crucero, divididas en cuatro tramos y cada una terminada en ábside: el central es más profundo, semicircular al interior y poligonal al exterior; los laterales son semicirculares también al exterior.
Los pilares son de planta cruciforme, excepto uno que la tiene circular. No hay capiteles, sino que de una simple imposta arrancan las bóvedas de medio cañón y, en los ábsides, de cuarto de esfera. Carece de toda ornamentación escultórica que pueda distraer la contemplación de la piedra lisa en su función arquitectónica. Delante de la capilla mayor se ha construido una cúpula, pasando a la planta octogonal por medio de trompas. De sus cuatro óculos llega la luz, como también de sendas saeteras de los ábsides laterales y tres ventanas sencillas del central. En el centro del segundo tramo occidental se alza una curiosa capilla, apoyada en los cuatro pilares pero exenta y cerrada como si estuviera al aire libre. Se cubre al interior con bóveda de semicañón apuntado y tiene dos puertas románicas al norte y al poniente.
Preside la capilla mayor el famosos retablo esmaltado, joya de la orfebrería románica española, realizado probablemente para este santuario en tiempo de García Ramírez (1134-1150). En el santuario se guarda la venerada efigie del Ángel que sostiene en alto la reliquia del Lignum Crucis y que según la tradición fue dejada por el Ángel tal como se comenta en la leyenda.
Leyenda de San Miguel de Aralar
En Navarra, antes de existir los reyes de Navarra, vivía en el valle de Goñi, un caballero llamado Teodosio, Buruzagia de la comarca, casado con Dña. Constanza de Butrón. Poco después de casarse, Teodosio tiene que abandonar su casa para dirigir la lucha contra los árabes.
Dña. Constanza quedó sola en su palacio con los padres de Teodosio, a los que tuvo la deferencia de hacerles dormir en la habitación señorial, pasando ella a otra más pequeña. Cuando Teodosio volvía victorioso a su castillo, se le apareció el diablo disfrazado de Basajaun ("El Señor de los Bosques") que le hizo creer que su mujer le engañaba con un criado.
Teodosio, fuera de sí, se lanza a galope hacia su casa. Al amanecer penetra en su palacio y se dirige decidido y enfurecido a su habitación matrimonial con la daga desenvainada. Entra en la alcoba y apuñala retiradamente a las dos personas que dormían en su lecho convencido de que eran su esposa y el amante de ésta.
Creyendo haber vengado el agravio, sale de casa y sobrecogido se encuentra con su esposa que salía de misa, aterrado, conoce que quienes dormían en su cama y a quienes había asesinado eran sus padres. Atemorizado por el crimen, va a Pamplona a pedir perdón al Sr. Obispo quien, horrorizado, le envía a Roma para que sea le propio Papa quien le absuelva de su pecado.
Teodosio, arrepentido, va de peregrino a Roma y el Papa le absuelve, poniéndole como penitencia el arrastrar unas gruesas cadenas hasta que por un milagro divino se le desprendieran. Esto sería el signo inequívoco del perdón divino.
Teodosio, estando retirado en Aralar, un día vio salir de una sima un gran dragón que amenazaba devorarlo, Teodosio, indefenso, cayo de rodillas e imploró la protección de S. Miguel, exclamando ¡San Miguel me valga!.
En aquel momento, entre gran estrépito, apareció el Arcángel, quien mostrando la cruz sobre su cabeza venció y mató al dragón al grito de ¡Quién como Dios! ¡Nor Jaungoikoa bezala!
En aquel mismo momento, Teodosio quedó libre de las cadenas, perdonado por Dios, que le dio una reliquia.
Ya libre volvió a su casa de Goñi donde le esperaba su esposa. Y ambos, agradecidos a Dios, erigieron un santuario al Arcángel en lo alto de Aralar, al que llamaron San Miguel in Excelsis.
Y..... seguimos pensando y San Miguel pesando almas cual Hermes revivo.
Orígenes históricos del culto a San Miguel Arcángel
La escena del pesaje de las almas, conocida iconográficamente por el término de psicostasis o psicostasia, aparece en las representaciones del llamado Libro de los Muertos egipcio, una especie de «manual» que servía a los difuntos para pasar con éxito las pruebas que le franquearían las puertas del más allá.
La psicostasis no fue propiedad exclusiva de los egipcios. Hay relatos similares en el budismo, el mazdeísmo e incluso el Islam.
Sin embargo, en ningún otro lugar tuvo tanta importancia como en Egipto, y es de ahí de donde parece proceder su conexión con el cristianismo.
Durante la época helenística y romana, Hermes – Mercurio se convirtió en el encargado de ejecutar el pesaje de las almas. De este modo, Hermes se identificó con Thoth. Esta nueva divinidad, Hermes-Thoth se identifica a su vez con la figura de Hermes Trismegisto, considerado fundador del hermetismo, y que en época cristiana terminaría por ser identificada con el Arcángel San Miguel.
En la actualidad, todos los estudiosos coinciden en señalar el Egipto copto como el lugar más probable del nacimiento del culto a San Miguel, lo que hace aún más comprensible la identificación entre ambos personajes. Tal y como explica el historiador del arte Joaquín Yarza Luaces, no fue una simple sustitución:
Miguel no sustituye a Hermes, sino que se identifica con él o se incorpora al complejo personaje Hermes-Thoth.
Las figuras cumplían una función de psicopompos –conductores de almas– y, por este motivo, muchos de los santuarios del Arcángel San Miguel fueron construidos en lugares elevados. Esta función de psicopompo o conductor de almas atribuida al arcángel cristiano aparece de forma abundante, según los historiadores, en varios textos apócrifos, algunos de ellos cargados de gnosticismo.
La identificación entre estos personajes es tan evidente que, tal y como explica Yarza Luaces, se conservan algunas gemas y amuletos en las que aparece representado de forma inequívoca Hermes, aunque llevan una inscripción mencionando a Miguel.